コメント欄に返事を書いていくと読みにくくなりそうなんでエントリで反応していきますね。
タイトルも長すぎたのでちょっと縮めましたがな。
結局はどのくらいの出力を目標とするか、で選ぶ仕様が変わってくると考えていいと思います。出力を上げ、完璧に制御しようと思ったらそれなりの手間隙技術が必要になるってコトでしょうね。（僕はソコソコで妥協しますぅ…そのうちねぇ）
400ps以上を狙うなら、ハヤブサが現実的な選択です。
300ps前後ならばZX12RやZZR1200が良いでしょう。R1の場合、250psは苦しいでしょう。これ以上出そうとすると、エンジンをどうやって補強するかが問題になってきます。クランクケース剛性を上げるのはかなり困難です。
まず、僕のハヤブサの仕様ですが、シリンダにゲタ履かせて圧縮比を落としてます。
2mmのスペーサーが入っていますので……えー
ボア×ストローク:81.0×63.0mm，圧縮比:11.0がノーマルですんで誰か計算して。
まあそんな具合です。
ゲタ履かせると、当然エンジン高も上がりますから、バイクによってはフレーム加工が必要になったりします。却って手間がかかってしまう場合もあるので、そのへんはバイク次第、狙う出力次第ってことかな。
タイミングチェーンが引かれる分、バルタイが変わってしまうので、カムのギヤの焼き嵌めを抜いて入れなおしています。ギヤがボルト止めだったら長穴加工できるんですが、最近のバイクはボルト止めって少ないんですよね……。